De oorzaak van aften is nog niet duidelijk. Er is een aantal predisponerende factoren zoals een tekort aan vitamines, letsel van de mond, stoppen met roken, slaaptekort, angst en stress, overgevoeligheid voor bepaalde voedingsbestanddelen (bijvoorbeeld benzoëzuur), hormonale veranderingen ten gevolge van de menstruele cyclus. Echter het bewijs voor de verschillende factoren is niet altijd even sterk